Team Tumorbekämpfung: „Bereit für Herausforderungen!“

Die HTL-Schüler Stefan Erben und Andreas Mattes stellten 2017 ihre Abschlussarbeit an der HTL Hollabrunn in den Dienst der Krebsforschung und entwickelten eine revolutionäre Software, die Gewebedaten blitzschnell analysiert.

Stefan Erben(rechts im Bild) aus Korneuburg und Andreas Mattes(links im Bild) aus Spillern sind schon Freude, seit sie einander an der HTL Hollabrunn zum ersten Mal begegnet sind. Während andere SchülerInnen weniger Enthusiasmus für ihre Abschlussarbeiten aufbringen, haben sich Stefan und Andreas aus Eigeninitiative für ihre Diplomarbeit im Fach Elektronik und Technische Informatik im Juni 2017 eine ganz besonders „anspruchsvolle“ Herausforderung gesucht: Speziell für das Glioblastom-Forscherteam rund um Adelheid Wöhrer vom Klinischen Institut für Neurologie der MedUni Wien entwickelten die beiden „Nuclei J“, eine Gehirnscananalyse mittels Bildverarbeitung.

Die revolutionäre Software, die bereits am AKH im Einsatz ist, ermittelt Gewebedaten des bösartigen Tumors in Sekundenschnelle. NucleiJ war 2017 für den Wissenschaftspreis des TÜV-Austria nominiert und hat den Publikumspreis in dieser Kategorie abgesahnt. Das Programm gibt es übrigens gratis zum Downloaden unter nucleij.htl-hl.ac.at.

Gehirnscananalyse mittels Bildverarbeitung

WIENERIN: Eure Software „Nuclei J“ war 2017 für den TÜV-Wissenschaftspreis nominiert und ist bereits im AKH im Einsatz. Was kann sie?

Andreas Mattes: Unser Programm kann beliebig viele Schnittbilder von Gewebeproben des Glioblastom (Anmerkung: der häufigste, bösartige Hirntumor) in kürzester Zeit analysieren und verarbeiten. Früher wurden diese Schnittbilder von einem/r MitarbeiterIn manuell Schritt für Schritt analysiert und ausgewertet. Das hat manchmal Tage gedauert.

Stefan Erben: „Gehirnscananalyse mittels Bildverarbeitung“ war der ursprüngliche Name unserer Diplomarbeit. „Nuclei“ bedeutet Zellkern und „J“ steht für Java, das Programm, in dem wir die Software geschrieben haben.

WIENERIN: Ihr habt über ein Jahr an der Entwicklung von „Nuclei J“ gearbeitet. Wie funktioniert nun die Zusammenarbeit mit dem AKH genau?

Andreas Mattes: Wir erhalten vom Glioblastom-Forscherteam rund um digitale Schnittbilder von Tumorgewebeproben. Darauf befinden sich Zellkerne, die eine bestimmte Färbung haben. Diese Gewebeproben werden vorher eingefärbt und fotografiert oder gescannt und unser Programm erkennt diese unterschiedlichen Färbungen von den Zellkernen und zählt und misst diese und erstellt dann unterschiedliche Messwerte wie die Anzahl oder die Dichte oder auch die Verteilung im Schnittbild, auch Höhe und Breite von jedem Zellkern und auch vom Durchschnitt Werte. Die Automatisierung, also die Stapelverarbeitung, ist ein sehr wichtiger Punkt dabei.

Stefan Erben: Das Revolutionäre an unserem Programm ist, dass es speziell für diesen Hirntumor und exakt diese Problemstellung entwickelt wurde und an den Scanner der MedUni Wien angepasst wurde.

WIENERIN: Euer Programm dient Forschungszwecken …

Stefan Erben: Das Glioblastom ist bisher nicht heilbar. Die Analyse der Gewebeschnittbilder aus verschiedenen Stadien der Erkrankung gibt Aufschluss darüber, welche Behandlungsmethode das Wachstum des Tumors verzögert hat. Ziel ist es herauszufinden, wie man den Tumor vielleicht eines Tages ganz bekämpfen kann.

WIENERIN: Wie seid ihr auf die Idee gekommen, mit eurer Diplomarbeit ein medizinisches Forschungsprojekt technisch zu unterstützen?

Stefan Erben: Wir wollten eine Diplomarbeit machen, die anspruchsvoll ist, und haben uns umgehört. Es war eher Zufall, dass wir erfahren haben, dass Dr. Adelheid Wöhrer, die Leiterin des Glioblastom-Forscherteams, technische Unterstützung braucht. Zwei Wochen nach dem Kick-off-Meeting haben wir ihr schon unsere ersten Ideen geliefert. Wir haben voll Gas gegeben und einer weiteren Präsentation haben wir den Zuschlag für die Umsetzung bekommen. Dr. Wöhrer war begeistert von der Leistung, die wir in so kurzer Zeit zu Stande gebracht haben. Seit dem empfinden wir uns selbst auch als Teil des Glioblastom-Teams.

WIENERIN: Macht das eigentlich jede(r) an der HTL, dass er/sie für die Abschlussarbeit nach Problemen sucht, für die es noch keine Lösung gibt?

Andreas Mattes: Nein. Man kann sich auch einfach vom Betreuer ein Thema zuteilen lassen oder ein bestehendes Projekt weiterentwickeln. Wir haben aber immer schon die Herausforderung im Team gesucht.

Stefan Erben: Wir wollten auch unsere eigenes Produkt in Händen halten.

WIENERIN: Ihr stellt die Software gratis auf eurer Website zur Verfügung. Das ist irrsinnig großzügig von euch und heißt, dass jeder auf der Welt diese Software nützen könnte …

Andreas Mattes: Ja. Vorausgesetzt natürlich man hat die passenden Gewebe-Schnittbilder. Dieses Angebot richtet sich daher eher an Spitäler und Krankenhäuser.

Stefan Erben: In der Medizin sind viele Programme und Produkte Open Source (Anmerkung: kann von dritten eingesehen, verändert und benutzt werden). Wir finden es irgendwie cool, wenn man etwas zu Stande bringt, und andere verwenden es dann weiter. Wer eine Software entwickelt, die sofort Anwendung in der Forschung findet, will auch, dass sie anderen nützt. Wir würden uns jedenfalls voll freuen.

 

Aktuell